归属不同、馆藏不同。
1、国家博物馆是中央文化管理部门直接管理的全国性博物馆，由国家文物局直接领导，是国家级博物馆的代表，其馆藏主要是以中国历史文化为主，包括大量的国宝级文物。而首都博物馆则是由北京市文化局管理的地方性博物馆，其馆藏主要是以北京历史文化为主，包括大量的北京特色文物。
2、国家博物馆作为全国性博物馆，其展览和文化交流的影响力和范围都要比首都博物馆更广泛。国家博物馆还有更严格的管理和保护措施，包括展览设计、文物保护等方面。而首都博物馆则更加注重本地文化的传承和推广，也更加贴近市民生活和文化需求。