不一样；

1）南京博物院在中山门内半山园，前身是民国时期的国家级博物馆-中央博物院，现在是省级博物馆，虽然冠名南京，其实是江苏省博物馆，在国内排名第三，仅次于故宫博物院和上海博物馆，全国称作博物“院”的仅有故宫、南博，可见其地位之不一般。南博在每个月的首个周日免费开放，而对于在校学生则是凭学生证常年免费参观。至于里面的藏品我就不多说了，好不好玩你去看了就会知道，不会让你失望的。

2）南京市博物馆（从名称看出差别了吧）在朝天宫，其实就是个孔庙，里面的东西不看也罢，而且从来不免费。据说那里的地下库房（原本是中央博物院的）倒是还藏有不少抗战南迁的宝贝，但一般人是无缘相见的。

不一样。

南京博物院是中国第二大博物馆，中国三大博物馆之一，中国最早创建的博物馆，是一座大型综合性的省级历史与艺术类博物馆，全国综合性历史艺术博物馆，全国重点博物馆。前身是1933年蔡元培等倡建的国立中央博物院筹备处，1950年更名为南京博物院，位于南京城东中山门内中山东路321号，占地约13万平方米。

南京市博物馆是一座综合性历史艺术类博物馆，是江苏省、南京市爱国主义教育基地。馆址朝天宫，是江南地区最大的官式古建筑群，是全国重点文物保护单位之一。我馆前身为建国初期成立的南京市文物保管委员会，1978年南京市博物馆正式挂牌。

不是一家，南京市博物馆在朝天宫；南京博物院在中山门，是民国时期的中央博物院，是现全国第三大博物院，也是全国仅有的四家有故宫文物展品的博物院之一（另三家是北京故宫博物院、沈阳故宫博物院、台北故宫博物院）。

为何多数地方叫“博物馆”，南京的却叫“博物院”？